Kirkkonummen seurakuntayhtymässä on kaksi seurakuntaa: suomalainen ja ruotsalainen. Yhteinen kirkkovaltuusto on seurakuntayhtymän ylin päätöselin. Se päättää yhtymän talousarviosta, rakennushankkeista ja kirkollisverosta. Yhteinen kirkkovaltuusto (YKV) valitsee keskuudestaan puheenjohtajan ja varapuheenjohtajan joka toinen vuosi. Vuoden 2025 ensimmäisessä kokouksessa YKV:n puheenjohtajaksi vuosille 2025–2026 valittiin Matti Nieminen. Varapuheenjohtajaksi valittiin Viveca Lahti. 

Yhteinen kirkkoneuvosto valmistelee yhteisen kirkkovaltuuston kokoukset, panee toimeen sen päätökset ja vastaa seurakuntayhtymän hallinnosta.  YKN:n puheenjohtajana toimii jommankumman seurakunnan kirkkoherra, vuosina 2025–2026 suomalaisen seurakunnan kirkkoherra Anna-Maija Kuutti-Manninen. YKN:n varapuheenjohtajaksi kaudelle 2025–2026 valittiin Antti Salonen.

Seurakuntaneuvosto johtaa seurakunnan toimintaa yhdessä kirkkoherran kanssa, edistää sen hengellistä elämää sekä päättää seurakunnalle myönnettyjen varojen käytöstä. Kirkkonummen suomalaisessa seurakunnassa ja Kyrkslätts svenska församlingissa on molemmissa oma, vaaleilla valittava seurakuntaneuvostonsa. Seurakuntaneuvoston puheenjohtajana toimii kirkkoherra. Varapuheenjohtajaksi vuosille 2025–2026 valittiin suomalaisessa seurakuntaneuvostossa Johanna Lumijärvi ja svenska församlingenin seurakuntaneuvostossa Carl-Johan Kajanti.

Yhteinen kirkkovaltuusto hyväksyi seurakuntayhtymän hallinnon organisaatiomuutoksen ja perusti kaksi uutta virkaa

Kirkkonummen seurakuntayhtymä hoitaa seurakuntien yhteisiä tehtäviä, kuten talous-, henkilöstö-, hautaus- ja kiinteistöpalveluita.

Organisaatiomuutoksen tavoitteena on vahvistaa seurakuntayhtymän johtamista ja esihenkilötyötä. Seurakuntayhtymän hallintoon tulee kaksi uutta virkaa: hautaustoimen johtava viranhaltija, joka vastaa hautausmaista, niiden hoidosta ja hautapaikkarekisteristä, sekä palvelutoiminnan johtava viranhaltija, joka vastaa vahtimestari-, siivous-, kiinteistönhoito- ja leirikeskuspalveluista. Virat ovat tulossa haettavaksi helmikuun aikana.

Tavoitteena on, että organisaatiomuutos tulee voimaan kevään 2025 aikana.